近年来，南通市审计局着力强化审计监督与其他监督的贯通协同，在“大监督”框架下，构建审计查出问题整改长效机制，推动形成“市委审计委员会统揽、市政府交办、市人大问效、市纪委监委问责、相关工作机构齐抓共管、审计对账销号”闭环格局，审计整改成效显著。
通过市委审计委员会会议，提升审计整改的政治性。目前，南通市委审计委员会已经召开七次会议，审计整改工作逢会必提，进一步督促全市各级各部门提高政治站位，形成把所有问题全部改到位、改彻底的政治自觉。2021年下半年，市审计局在全市违法违规“小化工”整治情况专项审计调查中，对列入清单的140家违法违规“小化工”清理整治、专项整治排查及长效监管情况进行了全覆盖核查，市委书记王晖等多位市委、市政府领导对审计报告作出批示，要求各地各相关部门抓好整改，并由市纪委监委开展整改整治专项巡察。
通过人大制度约束，提升审计整改的规范性。近年来南通市人大先后制订了《关于进一步加强审计查出问题整改情况监督的办法》《南通市人大常委会关于对审计查出问题整改情况报告开展满意度测评的办法（试行）》《关于对审计查出问题整改情况开展询问和质询的办法（试行）》等制度，每年选取部分单位作为整改督查重点单位，定期跟踪审计整改落实情况。2022年年初，南通市本级首次对审计查出问题整改情况进行满意度测评，市人大常委会预工委与市审计局联合成立专项工作小组，共同对审计整改材料进行核实确认。
通过政府交办，提升审计整改的质效。自2017年以来，市政府每年都以审计整改交办单形式督促相关部门（单位）落实“同级审”发现问题的整改，并由督查室对整改工作进展情况进行跟踪督查。此外，市政府还以专题会议的方式，对一些事关发展大局的审计整改事项进行专题部署，在2021年南通市区优化营商环境专项审计调查推动下，南通市委、市政府联合印发《南通市2022“营商环境提升年”实施意见》，相关部门出台了优化营商环境政策措施，促进了审计成果的充分利用。
通过问责约谈，提升审计整改的刚性。南通市委巡察办与市审计局2017年联合出台了《关于规范巡察与审计工作协调机制的意见》。实践中，两部门将前期基础资料、中期阶段性成果、末期结论性文件相互交流，先后在市疾病预防控制中心、工贸技师学院、八所重点高中等单位主要负责人任期经济责任审计中，把审计监督、纪律检查、追责问责有机结合，促进领导干部主动作为、有效作为。去年，市审计局联合市纪委开展房地产配套用房移交管理整改专项督查，促进6.68万平方米配套用房无偿移交。今年，南通市环境保护督查整改工作领导小组印发了《南通市生态环境保护工作约谈暂行办法》，明确对生态环境保护审计发现问题整改落实不力的责任主体进行约谈。
通过督查对账销号，提升审计人员的责任意识。市审计局主动履行审计整改督查第一责任人的职责，出台《南通市审计局审计查出问题整改销号办法》，建立审计整改销号制度，并把审计项目督促整改情况纳入处室年度考核。连续8年组织全市审计整改情况现场督查，将整改督查工作中发现的审计项目质量管理方面的问题，作为对各县（市、区）审计机关审计质量考核的重要依据。此外，市审计局还在优秀审计项目评选（培育）、审计项目质量检查以及日常审理中，把审计发现问题的整改作为必查事项，使审计整改入脑入心、真实有效。
朱文涛