2020年，在南通市委市政府及省审计厅领导下，南通市审计局坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入学习习近平总书记关于审计工作的重要指示批示精神，围绕决战经济总量“过万亿”、夺取疫情防控和经济社会发展“双胜利”、高水平全面建成小康社会等重点目标任务，依法全面履行审计监督职责，全年共实施54个审计（调查）项目，完成市委市政府交办任务9项；查出主要问题金额166.47亿元，促进增收节支3.46亿元；移送处理事项10件，7人被立案调查、14人受党纪政纪处分（含以前年度移送）；公告审计结果52篇次。
南通市审计局获评“南通市先进集体”，“明法执审”获市级机关优秀普法品牌。组织实施的1个审计项目获全国优秀，3个项目获全省优秀，1个项目获市改革创新奖，1篇教学案例入选审计署案例库，1个数据分析案例获审计署创新应用优秀案例，1篇调研报告申报江苏发展研究奖，获市政府哲学社会科学优秀成果奖。