各级财政和医疗单位在医疗科研方面的投入是医疗卫生事业投入的重要组成部分，因此，在对公立医院进行审计时，应当对医疗科研专项资金的管理使用和绩效情况予以重点审查，针对问题提出相关意见建议，促进科研资金发挥应有效益。
一是审查立项符合性。医疗科研课题主要分为临床应用研究和应用基础研究两大类，目的是解决防病、治病关键性科学技术问题。课题主管部门对项目申报和参加对象的资质、能力、技术、诚信等均有明确要求。审计时应当收集项目评审资料，并进行审查，以确定项目立项是否符合相关规定。
二是审查结题及时性。科研过程具有一定的时续性，从立项到结题有一个持续的过程，但这一过程并不是漫漫无期的。因此，要重点关注那些长期未能结题的项目，分析深层原因。对于应当结束的，督促及时结题；对于发生重大变更、调整的，督促及时变更；对于确实无法完成的，督促及时终止，并收回专项资金。
三是审查资金使用合规性。按照规定课题经费须专款专用、专项管理，主要用于与课题直接相关的耗材、药物、试剂、动物以及与课题相关的学术交流、文献检索、科研合作等。因此，要重点关注经费中列支的人员费、设备费、管理费、国际交流与合作费等费用的开支，审查这些费用支出是否真实、合规。
四是审查项目效益性。开展科研课题研究，最终目的是提高医学科学技术水平，因此，要关注研究课题是否取得了相应的经济、社会效益。首先是审查项目成果是否满足验收条件，如发表的论文、专利及获奖情况；其次是关注新技术、新方法在医疗实践中的运用情况，是否实现了立项时预期的成效。
南通市审计局 徐清