近年来，南通市审计局始终坚持一体推进审计揭示问题“上半篇文章”与审计整改“下半篇文章”，在做好财政预算执行审计的同时，不断深化审计监督与其他监督贯通协同，通过清单式交办、满意度测评、联动式检查等方式，力促预算执行审计发现问题整改到位。
建立审计整改动态管理台账。精准梳理财政预算执行审计发现的主要问题，列出具体问题表现、整改责任单位、整改要求及整改时限，实现整改任务“一单清”，推动整改责任层层压实、分解到位。2023年以来，联合政府办向62家部门和单位下发整改交办单。
严格界定审计整改落实情况。联合人大预算工委对各部门单位上报的整改资料详细审核，拒绝敷衍整改等行为。在人大常委会会议上组织对各整改责任单位开展满意度测评，并现场公布测评结果，倒逼部门单位切实整改。2023年以来，已累计对81家单位开展审计整改情况满意度测评，满意率超90%，推动审计整改从“纸面落实”向“实质见效”转变。
推动审计整改纳入质询议程。依托审计查出问题挂销号系统，定期梳理以往审计查出问题整改情况，联合党委、政府督查部门选取部分重点事项整改进度进行现场检查，严防同一问题同一单位屡审屡犯、反复发生。推动人大预算工委将近年来审计查出突出问题整改情况询问质询工作纳入议程，着力深化人大监督与审计监督的贯通协同机制。